自2006年起，为促进中外人文交流，推广中文教育和传播中国文化，南京大学与境外高校和机构开始合作共建孔子学院，目前有6所孔子学院正在运营，按成立时间先后顺序分别为：
l英国谢菲尔德大学孔子学院
l澳大利亚墨尔本大学孔子学院
l法国阿尔多瓦大学孔子学院
l智利天主教大学孔子学院
l德国弗莱堡大学孔子学院
l德国哥廷根大学孔子学院
为进一步保障孔子学院工作的稳定、健康和可持续发展，南京大学于2015年9月正式成立孔子学院办公室，专职负责孔子学院事务的日常管理工作，主要包括：
l与中国国际中文教育基金会等主管机构交流沟通工作，执行其方针政策；
l配合学校国际化战略，落实相应的规定和措施；
l与6所共建孔子学院的联络和日常事务的管理协调工作；
l协同学校相关职能部门和院系，共同完成孔子学院中方院长、汉语教师及志愿者的选派、服务和管理工作；
l策划实施以孔子学院为平台的校际交流与合作项目；
l开展以孔子学院为渠道的不同类型的来华留学、游学及访问项目；
l与孔子学院建设有关的其他工作。
